关于jQuery使用过程中源文件的组织

目前我所知道的大概有两种方式

一种是写一个全局js库，也就是说全站就一个js文件

使用行内初始化函数来控制何时何处执行某一段js代码

还有一种就是全站有一个通用的js文件，这个文件里面存放通用的控制函数

而每个PHP或者JSP或者ASP对应一个JS，这个JS里面存放仅作用于这个页面的控制函数

现在问题是，这两种方式，究竟哪种更好呢？