bioperl的朋友们，求perl程序啊！
时间：2011-05-05
来源：互联网
本帖最后由 aids260 于 2011-05-05 15:09 编辑
按照序列名从序列文件里提取序列（文件在附件里）：
序列名的格式是：
BGIBMGA000029-TA
BGIBMGA000074-TA
BGIBMGA000086-TA
BGIBMGA000103-TA
BGIBMGA000062-TA
列文件的格式是这样的：
>pro1/BGIBMGA000062-TA
CGACAGAGGGATGACACTCCGTCCCCATATCAAAACGGTTCGCGACCGTGCCGCCTTCAT
ATTATGCTATGCTTTGCAAGCGAAGCAAACTTTACCTCCGTAATAAGGTAACTCTCTACA
AAACTACAAATGTTCATGATTGACTTCCACAAACCACGGTGAAGGAAGAACATCGTGTAA
不要管前边的”>pro1/“部分，只要和”/“后边的部分对应起来，就把序列提取出来
谢谢了啊！达人
按照序列名从序列文件里提取序列（文件在附件里）：
序列名的格式是：
BGIBMGA000029-TA
BGIBMGA000074-TA
BGIBMGA000086-TA
BGIBMGA000103-TA
BGIBMGA000062-TA
列文件的格式是这样的：
>pro1/BGIBMGA000062-TA
CGACAGAGGGATGACACTCCGTCCCCATATCAAAACGGTTCGCGACCGTGCCGCCTTCAT
ATTATGCTATGCTTTGCAAGCGAAGCAAACTTTACCTCCGTAATAAGGTAACTCTCTACA
AAACTACAAATGTTCATGATTGACTTCCACAAACCACGGTGAAGGAAGAACATCGTGTAA
不要管前边的”>pro1/“部分，只要和”/“后边的部分对应起来，就把序列提取出来
谢谢了啊！达人
作者: aids260 发布时间: 2011-05-05
顶顶
作者: aids260 发布时间: 2011-05-05
看看 Bio::SeqIO 和 Bio::Seq的文档，最多半天就搞定了。
作者: longbow0 发布时间: 2011-05-05
顶啊，在改论文啊，哥们，呵呵
作者: aids260 发布时间: 2011-05-05
楼主加油了，perl很强大
作者: 落英飘风香 发布时间: 2011-05-05
- #!/usr/bin/perl
-
- use strict;
- use warnings;
-
- my %gene;
- open(FH,"序列名.txt");
- while (<FH>) {
- chomp;
- $gene{$_} = 1;
- }
- close FH;
-
- open (WR,">gene_result.txt");
- open(FH,"序列.fa");
- my $check;
- while (<FH>) {
- chomp;
- if (/>/) {
- my ($dump,$name) = split(/\//,$_);
- $check = $name;
- print WR "$_\n" if ($gene{$check});
- }
- elsif ($gene{$check}) { print WR "$_\n"; }
- }
- close FH;
- close WR;
作者: iamlimeng 发布时间: 2011-05-05
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