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序列切割

时间：2011-03-29

来源：互联网

input file:

>A
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1NA1ETPDH2FI
>B
MTQ122NNG2N1HG2GHV1F
>C
XX

output file

MLCDSSESVSFSSIS1
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2
EEDTPIA2
EEDTPIA2LL1
LL1
LL1NA1
NA1
NA1ETPDH2
ETPDH2
ETPDHFI
FI
MTQ1
MTQ12
2
22
2
2NNG2
NNG2
NNG2N1
N1
N1HG2
HG2
HG2GHV1
GHV1
GHV1F
F

A和B的序列中包含1和2，为切割点，切割方式为1或2的右边，可以有1个漏切。
输出的序列，如第一个，MLCDSSESVSFSSIS1
漏切的情况：MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2

切割到最后一段也输出，如FI.

下面是我代码，写的有点复杂，大家应该还有更简便的方法，请赐教：）

awk -v RS="[12]" '{if($0~/>/){m=m>t+1?m:t+1;{if(NR==1){a[++p"|"++t]=$NF RT} else {a[p"|"++t]=$1;t=1;++p;a[p"|"++t]=$NF RT}}}else {a[p"|"++t]=$1RT}}END{for (i=1;i<=p;i++) for(j=1;j<=m;j++) {if(a[i"|"j])print a[i"|"j]; if(a[i"|"j+1])print a[i"|"j]a[i"|"j+1]}}'

复制代码

作者: yinyuemi 发布时间: 2011-03-29

太强了，，，
你哪来的这么蛋疼的题目啊。。。

作者: xiaopan3322 发布时间: 2011-03-29

回复 xiaopan3322

工作需要，么得办法啊:em06:

作者: yinyuemi 发布时间: 2011-03-29

回复 yinyuemi

还看不懂。
如何切割？为什么结果不包含以下行
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1NA1
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1NA1ETPDH2
...

作者: blackold 发布时间: 2011-03-29

回复 blackold

黑哥，好！
是这样的：
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1 # 漏切点为2
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1NA1 # 漏切点为3
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1NA1ETPDH2 # 漏切为4

漏切点不能超过1，所以不包含这些

作者: yinyuemi 发布时间: 2011-03-29

QUOTE:

input file:

>A
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1NA1ETPDH2FI
>B
MTQ122NNG2N1HG2GHV1F
>C
XX

outp ...
yinyuemi 发表于 2011-03-29 12:29

参考看看....
# echo '>A
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2LL1NA1ETPDH2FI
>B
MTQ122NNG2N1HG2GHV1F
>C
XX' | perl -ne '{if(/^>[AB]/){chomp($_=<>);while(m/((\D+)?(\d)|\D+$)/g){if($c++==0){print "$1\n"}else{print"$o$1\n$1\n";}$o=$1}}}'
MLCDSSESVSFSSIS1
MLCDSSESVSFSSIS1EEDTPIA2
EEDTPIA2
EEDTPIA2LL1
LL1
LL1NA1
NA1
NA1ETPDH2
ETPDH2
ETPDH2FI
FI
FIMTQ1
MTQ1
MTQ12
2
22
2
2NNG2
NNG2
NNG2N1
N1
N1HG2
HG2
HG2GHV1
GHV1
GHV1F
F

作者: jason680 发布时间: 2011-03-29

序列切割

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