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新手，大家帮我看一下吧

时间：2010-08-07

来源：互联网

本帖最后由 shilin320 于 2010-08-07 21:23 编辑

BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        132        GCTCAAC
BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        1526        ATTTAAC
BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        740        GTTAGGT
BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        927        GTTAAGT
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        134        GCTCAAC
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        928        GCCTAAC
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        1528        ATTTAAC
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        742        GTTAGGT
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        929        GTTAAGT
BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        1554        GTTGGAT
数据如上。说明如下：
一行中，空格之前的算是id（如BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1），之后是长度（如132），最后是端序列（如GCTCAAC）。
我想达到的目的是：id一样的前提下，reverse对应的编号（如740）减去非reverse对应的编号（如132）。
这样就会得到同id的一组数字的差值（如第一个id：740-132，740-1526，927-132，927-1526等等）。
这个差值（绝对值）要在45到128之间。
补充：找出这些（对儿）。

谢谢大家帮我看看，要怎么写。

作者: shilin320   发布时间: 2010-08-07

  1. open IN,"$ARGV[0]";
  2. while(<IN>)
  3. {
  4.         chomp;
  5.         if(/(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/)
  6.         {
  7.                 $id=$1;
  8.                 $pos=$2;
  9.                 $site=$3;
  10.                 while(<IN>)
  11.                 {
  12.                         chomp;
  13.                         if(/(\S+)\s+(\S+)\s+(\S+)/)
  14.                         {
  15.                                 $id1=$1;
  16.                                 $pos1=$2;
  17.                                 $site1=$3;
  18.                                 if($id1=~/$id\S+/)
  19.                                 {
  20.                                         $val=$pos1-$pos;
  21.                                         print"$val\n";
  22.                                 }
  23.                                 else
  24.                                 {
  25.                                         last;
  26.                                 }
  27.                         }
  28.                 }
  29.         }
  30. }
  31. close IN;
复制代码
这是雏形，请帮新手看看，谢谢~~

作者: shilin320   发布时间: 2010-08-07

  1. #!/usr/bin/perl

  3. use strict;
  4. use warnings;

  6. my %bio;
  7. while (<DATA>) {
  8.         chomp;
  9.         my ($id,$len,$serial) = split(/\s+/,$_);
  10.         if ($id =~ /(.*)_reverse/i) {
  11.              $bio{$1}{reverse}{$len} = $_;
  12.         }
  13.         else { $bio{$id}{original}{$len} = $_; }
  14. }
  15. foreach my $id (keys %bio) {
  16.         foreach my $len_o (keys %{$bio{$id}{original}}) {
  17.                 foreach my $len_r (keys %{$bio{$id}{reverse}}) {
  18.                         if (abs($len_o-$len_r) >= 45 and abs($len_o-$len_r) <= 128) {
  19.                                 print "$bio{$id}{original}{$len_o}\n$bio{$id}{reverse}{$len_r}\n\n";
  20.                         }
  21.                 }
  22.         }
  23. }

  25. <STDIN>;

  27. __DATA__
  28. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        132        GCTCAAC
  29. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1        1526        ATTTAAC
  30. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        240        GTTAGGT
  31. BJ_080907446G_2169_lj.seq.Contig1_reverse        1427        GTTAAGT
  32. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        134        GCTCAAC
  33. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        928        GCCTAAC
  34. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1        1528        ATTTAAC
  35. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        742        GTTAGGT
  36. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        829        GTTAAGT
  37. BJ_080407712G_82_lj.seq.Contig1_reverse        1554        GTTGGAT
复制代码
（你提供的数据，没有一组是符合的，我改了一下数据）

你看这样行不行。不过如果你的数据量很大，就要考虑内存的容量，上述程序会将数据全部读入内存。

作者: iamlimeng   发布时间: 2010-08-07

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