如何进行软件包搭配

也许这是我的认识错误。
原来一直用rh的，基本的安装个程序，升级个内核，或者什么配置一下的都会了，算是个linux入门了吧？但每次重装系统的时候总会遇到些问题，主要集中在软件包的搭配问题上，我不知道是不是存在某些必然的搭配才能使系统畅通无阻的运行，但是很多时候如果我不小心少安装了一些包，后果就是要么不能运行什么，要么就是不能安装什么，这该有多郁闷啊。
举个例子来说吧。以前用rh,fc2的时候，（我用linux主要是图形处理3d什么的）要用blender(一个免费的3d软件)，这个程序一般是不用安装的，双击就可以运行，再惨点，到终端里面打“./blender”也可以运行了，但是有些时候装完系统之后运行此软件就会出现缺少什么libc++的东西。我记得我的开发c语言的一堆程序（其实我也不是这方面的人，对编成也不是很了解，能把linux云翔起来已经很不错了。）但是他们为什么还是缺少呢？而且有些时候，不知道怎么得就又正常了，总之要重装好几次系统，才能蒙上。
为此我非常郁闷。我不太常用oo和别的东西。我喜欢linux因为它是我的，但有时候他真的不听话。
我想大家也不会用一用电子表格看看电影什么的就满足了吧？你是不是有什么比较好的搭配方案呢？
真诚地希望有人能来一起讨论一下这个问题。

补充依据，现在是mdk的系统了。感觉是比rh容易多了，但还是遇到这样的问题。我想有些能一步到位就不要捕来捕去的。