Ubuntu 9.04 编译新内核后无法启动

最近需要将驱动在另一个内核版本（2.6.29）下编译运行一下，目前用的ubuntu9.04，其默认内核版本是2.6.28，我如果下载2.6.28的内核源码编译安装，启动没问题，可是如果用2.6.29的内核源码编译安装后无法启动，显示说是在check root fs时出错，信息如下：

/dev/sda4: The filesystem size(according to the superblock) is 6998315 blocks The physical size of the device is 6263011 blocks
Either the superblock or the partition table is likely to be currupt!

出现此错误后，如果我再进入2.6.28那个以前编译安装的内核，是可以启动的，只是会显示 Unclean shutdown， checking drives：然后得等后一阵子，但是可以进去。
有没有哪位高人知道是为什么啊？我觉得不应该是2.6.29的FS不兼容2.6.28的？

多谢了先

你的机子是不是多硬盘？

就是一个硬盘啊，以前装过xp，vista系统，但是后来我装了ubuntu9.04，编译了2.6.28的内核安装就没有问题的。就是这个2.6.29的有上述的问题