双硬盘，其中一个硬盘可以没有主分区么？

双硬盘，要是两个硬盘都有一个主分区，第二硬盘的主分区就会在第一硬盘的主分区之后出来。就是在系统里看到的是：C（第一硬盘的），D（第二硬盘的主，也就是第二硬盘的C），然后后面是第一硬盘其他的分区和第二硬盘的其他分区。由于D是第二硬盘的，要是以后把第二硬盘拆除，盘符就会发生变化，会影响到软件的安装注册信息。
所以想问下，硬盘可以没有主分区么？或者是其他什么办法能解决这个问题？

最简单就用GPT，什么乱七八糟的主分区，扩展分区问题都没了。