请教个LINUX和WINDOWS兼容问题

菜鸟请教个问题
一个PHP程序在LINUX下使用正常,但在WINDOWS平台下使用点开链接会卡一会儿才显示出来(几秒)
不是设备硬件问题
后来经过测试发现问题如下:

1. 把程序放在网站根目录下http://localhost/
  IE8不会变慢,IE6和苹果浏览器变慢.

2. 把程序放在网站子目录下http://localhost/XXXX/(这个子目录随便)
  所有浏览器都访问速度正常

3. 不能修改程序太复杂也加了密.

目标: 把网站放在根下,所有浏览器都不卡.

我想着可能是httpd.conf 或是php.ihi 哪里配置有关系吧????,造成这样的问题.

请教中.....

这程序的功能是干什么的。
有没有调用一些系统命令或者是读取系统目录什么的。

ps：windows下运行php本来就比linux慢。

把加密去掉以后的测试结果呢?

看不懂