my.ini文件设置日志文件后读文件出错

有两个版本的软件，都用到mysql，A版本的my.ini文件很简单，只设置基本的信息如mysql所在的路径等，而B版本的则在my.ini文件中设置了日志文件的名称如：mysql-bin,安装后也有mysql-bin.index,mysql-bin.index文件中的格式如下：
.\mysql-bin.000001
.\mysql-bin.000002
.\mysql-bin.000003
.\mysql-bin.000004
.\mysql-bin.000005

文件后面还多了一空行。
现在的问题是：
安装好A版本后，可以正常起动mysql,此时不会读日志文件和.index文件(解包后实际上也有这些文件)。安装B版本后，会将my.ini覆盖，并执行:
mysqld-nt.exe --remove ; mysqld-nt.exe --install ,重新安装mysql服务。此后，服务一直起不来，打开 .err文件查看日志，是读.\mysql-bin.000005 文件失败。两个版本除了my.ini文件不同外，其它的文件包括.exe文件都是相同的，文件大小一样。如果再将my.ini文件替换为A版本的，即:没有设置日志文件的.但是mysql服务还是会读取日志文件并记录错误日志，服务起不来。即使再执行 mysqld-nt.exe --remove ; mysqld-nt.exe --install , 问题依旧。
如果是在打包B版本的时候即有A版本的my.ini，则安装后不会出现此问题

请教高手，是不是在第一次执行 mysqld-nt.exe --install 的时候会记录某些东西?具体的流程是怎么样的？

在上面的问题中，如果是将mysql-bin.index删除，则mysql会自动生成mysql-bin.index，并且服务能够起来。
因为要兼容A版本而且A版本不会再进行发布，想弄清楚一下mysql具体的流程

删除掉你的这些BINLOG的索引文件。因为它还需要和ibdata/iblog 等文件匹配。

启动如果有.index就去读.index