请教perl生物信息 问题：
时间：2011-03-23
来源：互联网
本帖最后由 aids260 于 2011-03-23 07:31 编辑
不好好意思在这里又要向各位高手们请教了，
我想把fasta序列的名称改一改，我文件都是类似这样序列：
复制代码
我想把序列名称“>nscaxxxx”改成">ref_pro_1"
">ref_pro_2"
">ref_pro_3"
每条序列按照 1 ， 2 ，3 ，4。。。。。往下排，如下：
复制代码
不好好意思在这里又要向各位高手们请教了，
我想把fasta序列的名称改一改，我文件都是类似这样序列：
- >nscaf1071
- TACACTATTAAATTTTATTGCGTTTTGTTTATTTCATTTTTACAATAAGCACAATATTGCAAATTACCCGAGCACAACAATGGCGGAGAATTTTAGGTGCGTGAGAACAGACGTAGACACTAACGCGCATGCGCACTTGTCAG
- >nscaf1071
- TTGACACAATTTTCAAATATTTATCGGAAACGACAAAGAGAAGATTTTCTACCAAGCAAATGTCTTTGTTAGATCAAACTTCAGACTTTTGTTCGAAACTTTTAAGAT
- >nscaf1108
- GCTGCTCGAATGGCGGTTGCGACTGGCAACCCAGTTAGAGATACTCATACGATGCTCATACCTAAACACTATAAAAAAAAAGATTTAAAAAAATTGACT
- >nscaf1681
- TGTGACTGTGTTGTTAAAGATTCAATAAATTTCCTTGATCACATCAATGGTAAAAAACATCAGAGGAATCTGGGAATGTCCAT
">ref_pro_2"
">ref_pro_3"
每条序列按照 1 ， 2 ，3 ，4。。。。。往下排，如下：
- >ref_pro_1
- TACACTATTAAATTTTATTGCGTTTTGTTTATTTCATTTTTACAATAAGCACAATATTGCAAATTACCCGAGCACAACAATGGCGGAGAATTTTAGGTGCGTGAGAACAGACGTAGACACTAACGCGCATGCGCACTTGTCAG
- >ref_pro_2
- TTGACACAATTTTCAAATATTTATCGGAAACGACAAAGAGAAGATTTTCTACCAAGCAAATGTCTTTGTTAGATCAAACTTCAGACTTTTGTTCGAAACTTTTAAGAT
- >ref_pro_3
- GCTGCTCGAATGGCGGTTGCGACTGGCAACCCAGTTAGAGATACTCATACGATGCTCATACCTAAACACTATAAAAAAAAAGATTTAAAAAAATTGACT
- >ref_pro_4
- TGTGACTGTGTTGTTAAAGATTCAATAAATTTCCTTGATCACATCAATGGTAAAAAACATCAGAGGAATCTGGGAATGTCCAT
作者: aids260 发布时间: 2011-03-23
本帖最后由 yinyuemi 于 2011-03-23 08:24 编辑
shell：
复制代码
perl:
复制代码
shell：
- awk ' />/{$0="ref_pro_"++p}1' file
- perl -lne 'if(/^>/){++$p;print "ref_pro_$p"}else{print }' file
作者: yinyuemi 发布时间: 2011-03-23
回复 yinyuemi
测试了下，应该：
复制代码
测试了下，应该：
- perl -lne "if(/^>/){++$p;print "ref_pro_.$p"}else{print }" f1.txt>f2.txt
作者: aef25u 发布时间: 2011-03-23
回复 aef25u
多谢指正！
多谢指正！
作者: yinyuemi 发布时间: 2011-03-23
回复 yinyuemi
指正不敢，向你学习，你的一行程序很牛。
以前从没关注过perl的一行程序。希望以后能多看到你的一行程序
指正不敢，向你学习，你的一行程序很牛。
以前从没关注过perl的一行程序。希望以后能多看到你的一行程序
作者: aef25u 发布时间: 2011-03-23
QUOTE:
回复 yinyuemi
指正不敢，向你学习，你的一行程序很牛。
以前从没关注过perl的一行程序。希望以后能 ...
aef25u 发表于 2011-03-23 08:27
指正不敢，向你学习，你的一行程序很牛。
以前从没关注过perl的一行程序。希望以后能 ...
aef25u 发表于 2011-03-23 08:27
perl还在学，相互学习
作者: yinyuemi 发布时间: 2011-03-23
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