初学者求教
时间：2011-03-22
来源：互联网
本帖最后由 sky_lij 于 2011-03-22 11:32 编辑
从EMBL格式文件中提取有关键词“SIGNAL“（大写） 的信息，按下列格式输出(Tab键隔开):
CTGF_HUMAN P29279 SIGNAL 1 26 Potential
IGF2_HUMAN P01344 SIGNAL 1 24
依次为ID, AC的第一个，SIGNAL，开始, 结束, 状态（有几种。如Potential, similarity, 或为空等）。
求代码和思路。（最好是perl）
EMBL格式见附件（只是一少部分数据）。
从EMBL格式文件中提取有关键词“SIGNAL“（大写） 的信息，按下列格式输出(Tab键隔开):
CTGF_HUMAN P29279 SIGNAL 1 26 Potential
IGF2_HUMAN P01344 SIGNAL 1 24
依次为ID, AC的第一个，SIGNAL，开始, 结束, 状态（有几种。如Potential, similarity, 或为空等）。
求代码和思路。（最好是perl）
EMBL格式见附件（只是一少部分数据）。
EMBL.rar (13.83 KB)
作者: sky_lij 发布时间: 2011-03-22
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shell:
复制代码
shell:
- awk '/^ID/{printf $2"\t"}/^AC/{printf $2"\t"}/^FT SIGNAL/{print $2"\t"$3"\t"$4}' file
- IGF2_HUMAN P01344; SIGNAL 1 24
- CTGF_HUMAN P29279; SIGNAL 1 26 Potential.
作者: yinyuemi 发布时间: 2011-03-22
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