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perl生物信息高手来围观了啊。

时间：2011-03-22

来源：互联网

本帖最后由 aids260 于 2011-03-22 08:58 编辑

use strict;
use warnings;

use Bio::SeqIO;
open(FH,">>reverse_exact_out.txt");

my $seqi = Bio::SeqIO->new(-file => 'exact_out.txt', -format=>'fasta');

while ( my $seq = $seqi->next_seq) {
my $id = $seq->id;
my $sseq=$seq->revcom ;
  print "$id\n";
  print FH "$sseq\n"; # This is what you need

}
close FH;

高手帮我看下这个提取反向互补序列的程序问题出在哪里了啊？？？

文件附件里，将它反向输出，格式不变！请各位指点迷津！

t.rar (12.13 KB)

作者: aids260 发布时间: 2011-03-22

本人不是高手

$seq->revcom是干活的，建立一个新的object。
$sseq是它的引用，而不是序列阿...
再把序列提出来，程序内添加my $out=$sseq->seq;

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

use Bio::SeqIO;
#use IO::String;
open(FH,">>reverse_exact_out.txt");

my $seqi = Bio::SeqIO->new(-file => 'exact_out.txt', -format=>'fasta');

while ( my $seq = $seqi->next_seq) {
my $id = $seq->id;
my $sseq=$seq->revcom;
my $out=$sseq->seq;
print "$id\n";
print FH "$out\n";
}
close FH;

作者: chenhao392 发布时间: 2011-03-22

本帖最后由 aef25u 于 2011-03-22 08:39 编辑

回复 aids260

以后兄弟问问题时能否将测试数据摘个片断做个附件发上来啊。没人会为了帮人再去找测试的数据的。也给想学perl生物信息处理的人一个方便。

作者: aef25u 发布时间: 2011-03-22

回复 aef25u

好的，兄弟你说的很对！我记住了啊

作者: aids260 发布时间: 2011-03-22

楼上说的对，我还得自己找个fasta格式的文件测试...还好电脑里到处都是...

作者: chenhao392 发布时间: 2011-03-22

本帖最后由 chenhao392 于 2011-03-22 10:14 编辑

楼主，短消息看不见你的附件，另外，post出来这样大家都能看见，说不定对后人也有帮助..

楼主说，

2011-03-22

aids260 2011-03-22 09:00
你好，我输出之后格式都变了！成了一行了
里边有很多行的
fasta格式，在附件里，麻烦帮我看看！

我回复：

这一行是不是很长啊？
你每隔多少个序列加个换行符，把它切了就是了.....

又及，
我看到附件了，可惜是rar格式的，ubuntu打不开。
想帮帮忙只是以前得到过许多人的帮助，现在有机会，回报CU一下而已，不带这样的，切个序列还要我写..
我吃晚饭去了...

作者: chenhao392 发布时间: 2011-03-22

本帖最后由 aef25u 于 2011-03-22 11:27 编辑

回复 aids260
001Rev.pl