bash: ./hello: 权限不够
时间:2011-03-19
来源:互联网
蛋疼没事就整了个, 缺点是你的文本里面不能有“大”和“小”字,没有去空格和换行符。
代码:
#! /bin/bash -
#
# 此脚本可反转基因字符序列,并能转换成互补基因序列。
# 可用于测序序列分析,特别适合懒得开或者没有下载序列分析软件。
# Make it for fun. ekeyme
# Set separator = newline
IFS='
'
PATH=/usr/local/bin:/bin:/usr/bin
export PATH
rev=no
com=no
usage() {
cat <<EOF
用法:
seq [-c|-r|--help] gene_sequence_file
选项: -c 转换基因序列,呈现其互补序列
-r 反转基因序列
!注: 不提供如何选项,不作改变。
EOF
exit
}
complement() {
seq=`echo "$1" | sed \
-e 's/A/大/g' -e 's/a/小/g' \
-e 's/T/A/g' -e 's/t/a/g' \
-e 's/大/T/g' -e 's/小/t/g' \
-e 's/G/大/g' -e 's/g/小/g' \
-e 's/C/G/g' -e 's/c/g/g' \
-e 's/大/C/g' -e 's/小/c/g' \
`
}
while [ $# -gt 0 ]
do
case $1 in
-c ) com=yes
;;
-r ) rev=yes
;;
--help ) usage
;;
-* ) echo "无法识别选项: $1" >&2
exit 1
;;
* ) break
;;
esac
shift
done
[ -z $1 ] && {
echo "没有可用基因序列!" >&2
exit 1
}
[ -f $1 ] && seq=`cat $1` || seq="$1"
[ "$com" = yes ] && complement "$seq"
[ "$rev" = yes ] && seq=`echo "$seq" | rev`
echo "$seq"
#
# 此脚本可反转基因字符序列,并能转换成互补基因序列。
# 可用于测序序列分析,特别适合懒得开或者没有下载序列分析软件。
# Make it for fun. ekeyme
# Set separator = newline
IFS='
'
PATH=/usr/local/bin:/bin:/usr/bin
export PATH
rev=no
com=no
usage() {
cat <<EOF
用法:
seq [-c|-r|--help] gene_sequence_file
选项: -c 转换基因序列,呈现其互补序列
-r 反转基因序列
!注: 不提供如何选项,不作改变。
EOF
exit
}
complement() {
seq=`echo "$1" | sed \
-e 's/A/大/g' -e 's/a/小/g' \
-e 's/T/A/g' -e 's/t/a/g' \
-e 's/大/T/g' -e 's/小/t/g' \
-e 's/G/大/g' -e 's/g/小/g' \
-e 's/C/G/g' -e 's/c/g/g' \
-e 's/大/C/g' -e 's/小/c/g' \
`
}
while [ $# -gt 0 ]
do
case $1 in
-c ) com=yes
;;
-r ) rev=yes
;;
--help ) usage
;;
-* ) echo "无法识别选项: $1" >&2
exit 1
;;
* ) break
;;
esac
shift
done
[ -z $1 ] && {
echo "没有可用基因序列!" >&2
exit 1
}
[ -f $1 ] && seq=`cat $1` || seq="$1"
[ "$com" = yes ] && complement "$seq"
[ "$rev" = yes ] && seq=`echo "$seq" | rev`
echo "$seq"

作者: x312844584 发布时间: 2011-03-19
基因啥的 。不懂


作者: lubcat 发布时间: 2011-03-19
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