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如何通过哈希表查询A文件中的查询信息在B文件中的具体内容

时间：2010-11-18

来源：互联网

我有文件A和B
其中A中内容为
gi|20178371|ref|NP_619791.1|
gi|20178373|ref|NP_619794.1|
gi|20178378|ref|NP_619799.1|
gi|20178380|ref|NP_619801.1|
gi|20178381|ref|NP_619802.1|
B为
gi|20178371|ref|NP_619791.1| gi|9627716|ref|NP_042238.1|
gi|20178371|ref|NP_619792.1| gi|9627716|ref|NP_042232.1|
gi|20178371|ref|NP_619793.1| gi|9627716|ref|NP_323443.1|
gi|20178373|ref|NP_619794.1| gi|9627716|ref|NP_566666.1|
gi|20178378|ref|NP_619799.1| gi|9627716|ref|NP_042111.1|
gi|20178378|ref|NP_619800.1| gi|9627716|ref|NP_042111.1|
gi|20178380|ref|NP_619801.1| gi|9627716|ref|NP_342321.1|
gi|20178381|ref|NP_619802.1| gi|9627716|ref|NP_042132.1|

我想得到如下的结果
gi|20178371|ref|NP_619791.1| gi|9627716|ref|NP_042238.1|
gi|20178373|ref|NP_619794.1| gi|9627716|ref|NP_566666.1|
gi|20178378|ref|NP_619799.1| gi|9627716|ref|NP_042111.1|
gi|20178380|ref|NP_619801.1| gi|9627716|ref|NP_342321.1|
gi|20178381|ref|NP_619802.1| gi|9627716|ref|NP_042132.1|

#useage: perl x1.pl A B
open (F1,"$ARGV[0]");
open (F2,"$ARGV[1]");
open (F3,">gi_name");
select F3;
while (<F1>) {
if (/^gi\|(\d+)\|re/) {
$hash{$1}=$_;
}
}
while ($gi=<F2>) {
if ($gi =~ /^gi\|(\d+)\|re/) {
if (exists $hash{$1}) {
print $hash{$1};
}
}
}

但我的程序的结果是这样的
gi|20178371|ref|NP_619791.1|
gi|20178373|ref|NP_619794.1|
gi|20178378|ref|NP_619799.1|
gi|20178380|ref|NP_619801.1|
gi|20178381|ref|NP_619802.1| gi|9627716|ref|NP_042132.1|

我想请问下为什么前几个号的对应信息没有提出来，万分感谢，新手，不是很懂，刚刚学！

作者: sunbaofa 发布时间: 2010-11-18

#useage: perl x1.pl A B
open (F1,"$ARGV[0]");
open (F2,"$ARGV[1]");
open (F3,">gi_name");
select F3;
while (<F1>) {
      if (/^gi\|(\d+)\|re/) {
            $hash{$1}=$_;
      }
}
while ($gi=<F2>) {
      if ($gi =~ /^gi\|(\d+)\|re/) {
            if (exists $hash{$1}) {
                     print $hash{$1};
            }
      }
}
这个是我编的一个程序

作者: sunbaofa 发布时间: 2010-11-18

明白问题出哪了，$hash{$1}中本身就只有1列，请教高手这样的提取如何实现，不知道怎么改程序，我把A文件和B文件
#useage: perl x1.pl A B

换成
#useage: perl x1.pl B A结果也不对，只显示A文件中的号对应的最后一行内容
，不能提取全部信息。

作者: sunbaofa 发布时间: 2010-11-18

#!/usr/bin/perl
#useage: perl x1.pl A B
use strict;
use warnings;
my %hash;
open (F1,"$ARGV[0]");
while (<F1>) {
chomp;
$hash{$_} = 1;
}
close F1;
open (F3,">gi_name");
open (F2,"$ARGV[1]");
while (<F2>) {
my ($key,$value) = split /\s+/;
if (exists $hash{$key}) {
print F3 "$_";
}
}
close F2;
close F3;
<STDIN>;

复制代码

看楼主的要求，貌似应该这样写！

作者: iamlimeng 发布时间: 2010-11-18

本帖最后由 zhlong8 于 2010-11-18 21:11 编辑

是要文件2中的前两列数字和文件1中一样的就输出吗？

#useage: perl x1.pl A B
open (F1,"$ARGV[0]");
open (F2,"$ARGV[1]");
open (F3,">gi_name");
select F3;
while (<F1>) {
chomp;
$hash{$1} = 1;
}
while ($gi=<F2>) {
if ($gi =~ /^(gi|\d+|ref|NP_\d+\.\d|)/) {
if (exists $hash{$1}) {
print;
}
}
}

复制代码

作者: zhlong8 发布时间: 2010-11-18

是要文件2中的前两列数字和文件1中一样的就输出吗？

只要第1列相同就行，就相当于A是一个检索条目，要在B中检索到它所对应的所有内容

作者: sunbaofa 发布时间: 2010-11-18

非常感谢2位，我在我原来程序上改了一下
#useage: perl x1.pl A B
open (F1,"$ARGV[0]"

;
open (F2,"$ARGV[1]"

;
open (F3,">gi_name"

;
select F3;
while (<F1>

{
      if (/^gi\|(\d+)\|re/) {
            $hash{$1}=$_;
      }
}
while ($gi=<F2>

{
      if ($gi =~ /^gi\|(\d+)\|re/) {
            if (exists $hash{$1}) {
                     print $gi};
            }
      }
}

最后1句命令改成print $gi就可以了，是自己没注意，打另一个文件的内容了。看了两位的程序想起自己问题了，呵呵，以后多像前辈学习！