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这样的程序perl能不能做?

时间:2010-10-14

来源:互联网

有一文件A,包括全部人基因名称,只有一列,举例如下:
A1BG
A1BGAS
A1CF
A2LD1
A2M
A2ML1
A2MP1
DUSP24
A3GALT2

有另一文件B,包括目标基因,也为一列,有的是单个基因,有的用/分开,表示或,格式如下:

LDHA
GABPB2
HDHD2
STYXL1 / DUSP24
PNPO
A2M
SLC12A9
MCOLN1
MFSD3 / LOC113655

现从文件A中随机抽取100个基因,将这100个基因与文件B进行比较,输出相同基因的个数。
如上面的例子得到相同的基因为:
A2M
DUSP24

相同的基因个数为:2

将这一过程重复1000次,输出相同的个数,存放在一列:
2
3
4
6
3
4
3
5
...

不知这样的程序具有可行性吗?谢谢!

当量的部分真实数据请见附件

file.rar (3.73 KB)

下载次数:0

2010-10-14 20:51

作者: bioinfor   发布时间: 2010-10-14

回复 bioinfor


    像这个 STYXL1 / DUSP24
两个都是基因么

作者: 珞水的大叔   发布时间: 2010-10-14

能做,Perl 特别擅长

作者: zhlong8   发布时间: 2010-10-14