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求助：谁有生物基因算法类的书籍推荐

时间：2010-09-30

来源：互联网

各位大虾，

      本人自己瞎搞了半年一事无成，又回到了perl 的怀抱，最近帮助同学写一个生物基因类的项目，谁有这方面的算法类的书籍介绍，做过生物基因的大虾估计知道，有些题目真不是地球人能想出的，我更是想不出来了。

                                                                           小生有礼了

作者: dahe_1984 发布时间: 2010-09-30

Beginning perl for bioinformatics
Mastering Perl for Bioinformatics

后者介绍了bioperl包, 发表在genome research上,cpan上有下,不过个人认为不太好用
一般的自己写写就好了

作者: hufeiyc 发布时间: 2010-09-30

有本叫做生物信息学算法导论的书还有就是一些测序算法数据去当当卓越上找找看吧

作者: ssuuzzhhee 发布时间: 2010-09-30

生物信息学算法导论没看过只是知道有这么一本书

作者: ssuuzzhhee 发布时间: 2010-09-30

感谢大家介绍了，先下来看看

作者: dahe_1984 发布时间: 2010-09-30

回复 hufeiyc

CTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTCCTGCAGCCCcaaacacacgctcggacgcatattacacatgttcatacacttaatactcgctgttttgaattgatgttttaggaatatatatgtagagagagcttccttgagtccattcacaggtcgtgatatgattcaattagcttccgactcattcatccaaataccgagtcgccaaaattcaaactagactcgttaaatgaatgaatgatgcggtagacaaattggatcattgattctctttgattggactgaagggagctccctctctcttttgtattccaattttcttgattaatctttcctgcacaaaaacatgcttgatccactaagtgacatatatgctgccttcgtatatatagttctggtaaaattaacattttgggtttatctttatttaaggcatcgccatgGGGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGGCCGCCACCGCGGTGGAGCTCCAGCTTTTGTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATTCCGAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGC

就是这样的一段序列，看里面有没有回文结构

回文结构就是 AT匹配 GC匹配，不分大小写。中间可以跳跃，跳跃算是“突起”，要找最长的。

这个算是一条链，最简单的，您有时间帮忙看看。

作者: dahe_1984 发布时间: 2010-09-30

回复 dahe_1984

回文结构就是 AT匹配 GC匹配，不分大小写。中间可以跳跃，跳跃算是“突起”，要找最长的
这句不太懂，是指链中出现AT和GC么，跳跃是值被哪两个字符包围的部分呢，能不能解释的详细一点，毕竟不是学生物的。

作者: 珞水的大叔发布时间: 2010-09-30

AAAAAAATTTTTTT 最理想的回文结构，全匹配
AAAAAAAGTTTTTTT G算是里面的突起，可以跳过

作者: dahe_1984 发布时间: 2010-09-30

TTTTTTTAAAAAAA呢
GGGGCCCC也是么

作者: 珞水的大叔发布时间: 2010-09-30

回复珞水的大叔
科普一下：
因为 DNA 是双链结构，我们都知道 DNA 由 4 种碱基构成，它们分别是 A，T，C，G。DNA 的双链结构是由碱基互补配对原则构成的，配对原则是 A <=> T，C <=> G。
因此，一般的写法：
ATCGAT，其实表示的是
ATCGAT
TAGCTA
这条序列上面的部分正好和下面的部分反过来写是一样的，这样的结构就叫回文结构。
不知道我说清楚了没有。
不过，我现在很忙，楼主的问题，我就不给具体脚本了。只给个我想的思路：
把序列反向互补（就是先反向，再根据碱基配对原则互补），然后，与原序列比较，查找最长相同子串。

作者: Monox 发布时间: 2010-09-30

回复 dahe_1984

根据Monox的解释，我写了一段查找无突起的回文结构的代码，如下：

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
my $lele = 'CTGCAAGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATTGTAATACGACTCACTATAGGGCGAATTGGGTACCGGGCCCCCCCTCGAGGTCGACGGTATCGATAAGCTTGATATCGAATTCCTGCAGCCCcaaacacacgctcggacgcatattacacatgttcatacacttaatactcgctgttttgaattgatgttttaggaatatatatgtagagagagcttccttgagtccattcacaggtcgtgatatgattcaattagcttccgactcattcatccaaataccgagtcgccaaaattcaaactagactcgttaaatgaatgaatgatgcggtagacaaattggatcattgattctctttgattggactgaagggagctccctctctcttttgtattccaattttcttgattaatctttcctgcacaaaaacatgcttgatccactaagtgacatatatgctgccttcgtatatatagttctggtaaaattaacattttgggtttatctttatttaaggcatcgccatgGGGGGATCCACTAGTTCTAGAGCGGCCGCCACCGCGGTGGAGCTCCAGCTTTTGTTCCCTTTAGTGAGGGTTAATTCCGAGCTTGGCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGC';
#my $lele = 'ATCGAT';
$lele = uc $lele;
my $hehe;
$hehe = qr/((\w) (??{$hehe})* (??{ if($2 eq 'A'){'T'}elsif($2 eq 'T'){'A'}elsif($2 eq 'G'){'C'}elsif($2 eq 'C'){'G'} }))/x;
my $result = '';
while($lele =~ /$hehe/g){
$result = $1 if(length $result < length $1);
}
print $result;

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